Die FIU steht im Verdacht, gegenüber den Prüfern der Financial Action Task Force (FATF) Zahlen schöngerechnet zu haben. Nach einem Bericht der Wirtschaftswoche sollen durch die Behörde zehntausende liegengebliebene Geldwäscheverdachtsfälle während der Deutschlandprüfung der FATF verschwiegen worden sein.